Hi everyone, I am doing my final project in the university about connectomics and for that I am using a lot of commands of MRtrix, but i can’t get a good connectome. I show you the commands i am using, and the final error I am getting. I will appreciate any help you could provide to me.
I use 61 gradients and b=1000. Then I use T1 and DWI files, which they have a format .nii at the begin.
To get the connectome matrix, I use a mix of the HCP tutorial and instructions of my teacher in the University.
T1 PROCESS
Cortical segmentation(Freesurfer)
recon-all -s caso002 -i /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s/caso002/caso002_T1.nii
recon-all -s caso002 -all
I move and change the name of the file apar+aseg.
cp /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_cortical_parcelation/caso002/mri/aparc+aseg.mgz /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.mgz
I change the format nii to mgz.(Freesurfer)
mri_convert /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.mgz /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.nii
I change the real volume to a volume 256x256x256 so later I can calculate a deformation.(Freesurfer)
mri_convert -c /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s/caso002/caso002_T1.nii /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256.nii.gz
I extract the brain because the skull can cause problems(FSL)
bet /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256.nii.gz /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256_masked.nii.gz -R
DWI PROCESS
I obtain a mask for future propose(MRtrix)
dwi2mask /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii -fslgrad /datos/pruebas_daniel//difusion/b_values_61_direcciones.bvec /datos/pruebas_daniel//difusion/b_values_61_direcciones.bval
I obtain a 5tt format so i can do the tractography with the option act(MRtrix)
5ttgen fsl /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_ T1_256.nii.gz /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt.nii.gz
I obtain the response function (MRtrix)
dwi2response tournier -fslgrad /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_response -mask /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii
I obtain the Fiber orientation distribution(MRtrix)
dwi2fod csd -fslgrad /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_response /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_output_fod.nii -mask /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii
I obtain a lot of parameters(tensors), including the FA. (MRtrix)
dtifit -k /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii -o /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002 -m /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii -r /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec -b /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval
I do the parcellation.(MRtrix)
labelconvert /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.nii $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt /opt/shared/MRtrix/mrtrix3/src/connectome/tables/fs_default.txt /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg_lut.nii
Now, i realize the orientation of the T1 and FA are different of the DWI, so i use the next comands(FSL)
flirt -in /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA -ref /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256_masked -out /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_FA_over_T1 -omat /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_FA_over_T1.mat -dof 12 -searchrx -180 180 -searchry -180 180 -searchrz -180 180
convert_xfm -omat /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat -inverse /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_FA_over_T1.mat
flirt -in /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg_lut.nii -ref /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA -out /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_cortical_seg_lut_warped -init /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat -interp nearestneighbour -applyxfm
flirt -in /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt.nii.gz -ref /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA -out /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt_warped -init /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat -interp nearestneighbour -applyxfm
Tractography(MRtrix)
tckgen -act /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt_warped.nii.gz /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_output_fod.nii /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_whole_brain_tractography/caso002/caso002_act_2000000_fibras.tck -seed_image /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii -number 2000000
Connectome Matrix (MRtrix)
tck2connectome /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_whole_brain_tractography/caso002/caso002_act_2000000_fibras.tck /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_cortical_seg_lut_warped.nii.gz /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_conectomica_fiber_count.csv
And after executing tck2connectome command, i get this error:
tck2connectome: [WARNING] The following nodes do not have any streamlines assigned:
tck2connectome: [WARNING] 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 21, 24, 25, 26, 28, 29,
30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 49, 53, 54, 60, 62, 67, 69, 74, 80, 81
tck2connectome: [WARNING] (This may indicate a poor registration)
Can anyone help me to find where is my mistake?
Thanks a lot!